สโมสรฟุตบอล ภูเก็ต เอฟซี มีลุ้นได้สิทธิแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2016 หลังจาก 2 สโมสรที่อันดับผลงานดีกว่า ไม่ผ่านคลับไลเซนซิ่งในการแข่งขัน ฤดูกาลใหม่
โดยก่อนหน้านี้ บริษัท ไทยพรีเมียร์ลีก ได้ตัดสินให้ บีบีซียู เอฟซี ทีมอันดับ 4 ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2015 ได้สิทธิแข่งขัน ไทยพรีเมียร์ลีก แทนสโมสรฟุตบอล เพื่อนตำรวจ แชมป์ ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2015 เนื่องจากไม่ผ่านคลับไลเซนซิ่ง เพราะติดขัดปัญหาด้านการเงิน ทำให้ต้องหาทีมเข้าแข่งขันแทน สิทธิของ บีบีซียู เอฟซี ที่ได้เลื่อนชั้น
ในขณะนั้น พิจิตร เอฟซี ได้ขอพักทีมสำหรับแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ทางฝ่ายจัดการแข่งขัน จึงได้ประสานงานไปยัง อยุธยา เอฟซี ให้ส่งเอกสารตรวจสอบ คลับไลเซนซิ่ง เพื่อเตรียมการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2016
ต่อมา พิจิตร เอฟซี ได้แสดงความจำนง ขอให้ไทยพรีเมียร์ลีก พิจารณาคลับไลเซนซิ่ง ของสโมสรอีกครั้ง ในฐานะทีมที่มีผลงานดีที่สุด (พิจิตร เอฟซี อันดับ 16, อยุธยา เอฟซี อันดับ 17 และ ภูเก็ต เอฟซี อันดับ 18)
ภายหลังการพิจารณา พิจิตร เอฟซี และ อยุธยา เอฟซี ไม่ผ่านคลับไลเซนซิ่ง ตามที่บริษัท ไทยพรีเมียร์ลีก จำกัด กำหนดเอาไว้ ทำให้ล่าสุด ทีมสโมสรฟุตบอล ภูเก็ต เอฟซี อยู่ในกระบวนการพิจารณา หากผ่านมาตรฐานที่กำหนดไว้ จะทำให้ ภูเก็ต เอฟซี ได้สิทธิแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2016
นอกจากนี้ ยังมีรายงานข่าวด้วยว่า ประมุขพิสิษฐ์ อัจฉริยะฉาย อดีตประธานสโมสร ที่เคยประกาศวางมือ พร้อมเปิดโอกาสให้บุคคลอื่น ที่สนใจลงทุนกับสโมสร อาจเปลี่ยนใจกลับมาทำทีมอีกครั้ง แต่ทั้งนี้ คงต้องรอรายงานข่าวอย่างเป็นทางการ จากบริษัท ไทยพรีเมียร์ลีก และ สโมสรฟุตบอล ภูเก็ต เอฟซี อีกครั้งหนึ่ง
