การแข่งขันฟุตบอล ไทยเอฟเอคัพ 2016 ต้องยุติลง ภายหลังจากประกาศ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ฉบับที่ 039/2559 เรื่องยุติการแข่งขันฟุตบอลทุกรายการ ภายใต้การกำกับดูแลของสมาคมฯ และ ฉบับที่ 040/2559 ประกาศการจัดอันดับ ด้วยการจับสลาก หากผู้ชนะ
การแข่งขัน ไทยเอฟเอคัพ 2016 รอบรองชนะเลิศ 4 ทีมสุดท้าย ประกอบด้วย ชลบุรี เอฟซี, ราชบุรี มิตรผล เอฟซี, สุโขทัย เอฟซี และ ชัยนาท ฮอร์นบิล
จากการประชุมหารือทุกฝ่าย ทั้งฝ่ายจัดการแข่งขัน ผู้สนับสนุน และทีมที่เข้ารอบ ตกลงว่าทั้ง 4 ทีม จะครองแชมป์ร่วมกัน และใช้วิธีการจับสลากเพื่อหาตัวแทนไปแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2017 รอบคัดเลือก
ผลการจับสลาก หาตัวแทนไปแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2017 รอบคัดเลือก ทีมที่ได้สิทธิตามลำดับ ได้แก่ (1) สุโขทัย เอฟซี (2) ชัยนาท ฮอร์นบิล และ (3) ราชบุรี มิตรผล เอฟซี ด้าน ชลบุรี เอฟซี ขอสละสิทธิในการจับสลาก
อย่างไรก็ตาม การเข้าแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2017 รอบคัดเลือก ทีมที่ได้สิทธิเข้าแข่งขัน จะต้องผ่านมาตรฐานสโมสร (คลับไลเซนซิ่ง) ซึ่งหากทีมได้สิทธิลำดับแรก ไม่ผ่านมาตรฐานดังกล่าว ก็จะตกเป็นของทีมลำดับถัดมา และหากทั้ง 3 อันดับแรก ไม่มีทีมไหนผ่านคลับไลเซนซิ่ง สิทธิการแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2017 รอบคัดเลือก จะตกมาเป็นของชลบุรี เอฟซี เพราะครองแชมป์ร่วมกัน
