จากปัญหาหลายทีมที่เข้าร่วมการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ไม่ผ่านคลับไลเซนซิ่งในช่วงก่อนเปิดฤดูกาล จนทำให้การแข่งขันฟุตบอล ไทยลีกดิวิชั่น 1 ประจำฤดูกาล 2016 ต้องเหลือทีมแข่งขันเพียง 16 ทีม จากเดิมที่วางโปรแกรมการแข่งขันเอาไว้ 18 ทีม ส่งผลให้ในแต่ละสัปดาห์ จะมีทีมว่างแข่งขันจำนวน 2 ทีมมาโดยตลอด
ล่าสุด การประชุม สโมสรสมาชิก ไทยลีกดิวิชั่น 1 มีมติ จับสลากประกบคู่ใหม่ ในช่วงการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2016 เลก 2 เพื่อจะได้ไม่มีทีมว่าง ซึ่งจะทำให้ไม่ต้องจัดโปรแกรมแข่งขันในนัดกลางสัปดาห์ พร้อมกับสามารถจบฤดูกาลได้พร้อมกับ ไทยลีก 2016 อีกด้วย
ทั้งนี้ หากการจับสลากประกบคู่ใหม่ เคยแข่งขันกันไปแล้ว ในไทยลีกดิวิชั่น 1 2016 เลกแรก ก็ให้ทำการสลับทีมเหย้า-ทีมเยือน เพื่อแข่งขันใน เลก 2
ผลการจับสลาก ประกบคู่ นัดแรกของ ไทยลีกดิวิชั่น 1 2016 เลก 2 ที่จะแข่งขันในช่วงวันเสาร์-อาทิตย์ 25-26 กรกฎาคม 2559 เป็นดังนี้
- บางกอก เอฟซี VS สงขลา ยูไนเต็ด
- การท่าเรือ เอฟซี VS ระยอง เอฟซี *
- นครปฐม ยูไนเต็ด VS ลำปาง เอฟซี
- พีทีที ระยอง VS ขอนแก่น ยูไนเต็ด
- ไทยฮอนด้า VS กระบี่ เอฟซี
- สมุทรสงคราม อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี VS ประจวบ เอฟซี
- อ่างทอง เอฟซี VS เชียงใหม่ เอฟซี
- อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด VS แอร์ฟอร์ซ เซ็นทรัล เอฟซี
* ผลการจับสลากคู่ระหว่าง "ระยอง เอฟซี VS การท่าเรือ เอฟซี" เคยแข่งขันในเลกแรกมาแล้ว ทำให้ต้องสลับทีมเหย้า-ทีมเยือน ในการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 2016 เลก 2
ทั้งนี้ ศุภสิน ลีลาฤทธิ์ อุปนายก ฝ่ายจัดการแข่งขัน สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ยังเปิดเผยด้วยว่า ตลาดซื้อขายนักเตะในเลก 2 จะเลื่อนเร็วขึ้น จากเดิม 25 มิถุนายน - 24 กรกฎาคม เปลี่ยนเป็น 18 มิถุนายน - 15 กรกฎาคม 2559
