ปัจจุบัน ไทยลีก 2 ฤดูกาล 2017 สโมสร ใช้ชื่อทีมแข่งขันว่า "สมุทรสงคราม เอฟซี"
สโมสรฟุตบอลจังหวัดสมุทรสงคราม ใช้ชื่อ "สมุทรสงคราม อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี" ในการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2016 โดยก่อนหน้านี้ใช้ชื่อ สมุทรสงคราม บีทียู เอฟซี ในการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2015 ที่ผ่านมา
