ภายหลังประกาศสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ฉบับที่ 039/2559 เรื่อง ยุติการแข่งขันฟุตบอลทุกรายการ และ ประกาศ ฉบับที่ 040/2559 เรื่องการจัดอันดับการแข่งขัน ด้วยการจับสลาก
การแข่งขัน ฟุตบอลไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 รอบแชมเปี้ยนชิพ รอบรองชนะเลิศ ที่มี 4 ทีมเข้าร่วมการแข่งขัน ได้แก่ ตราด เอฟซี, หนองบัว พิชญ เอฟซี, สุราษฎร์ธานี เอฟซี และ เกษตรศาสตร์ เอฟซี นั้น ได้มีการจับสลากเพื่อหาทีมเลื่อนชั้น ไปสู่ ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2017
ผลการจับสลาก ทีมที่ได้สิทธิเลื่อนชั้น ไปแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2017 ได้แก่ ตราด เอฟซี, เกษตรศาสตร์ เอฟซี และ หนองบัว พิชญ เอฟซี ด้าน สุราษฎร์ธานี เอฟซี ไม่ได้สิทธิร่วมแข่งขัน
ทั้งนี้ การแข่งขัน ไทยลีกดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2017 ทีมที่จับสลากได้ จะต้องปรับปรุงมาตรฐานสโมสร (คลับไลเซนซิ่ง) ซึ่งหากสโมสรใด ไม่สามารถปรับปรุงตามมาตรฐาน สิทธิการแข่งขันจะตกเป็นของทีม สุราษฎร์ธานี เอฟซี ต่อไป