จากที่ สโมสรฟุตบอล นครพนม เอฟซี ทีมในการแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2016 ทำหนังสือ ทวงถามเงินสนับสนุนค้างชำระจำนวน 850,000 บาท หากสมาคมฯ ไม่ดำเนินการภายในวันอังคาร 10 พฤษภาคม 2559 สโมสร นครพนม เอฟซี จะพิจารณาถอนทีมจากการแข่งขัน
ซึ่งเป็นเงินสนับสนุนที่สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ จะต้องชำระเมื่อเปิดฤดูกาลแข่งขัน 1 ล้านบาท รวมกับ เงินสนับสนุน นัดแข่งขันทีมเยือน อีก 3 นัดๆ ละ 50,000 บาท รวมเป็น 1,150,000 บาท แต่ถึงวันนี้ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ จ่ายให้กับสโมสรเพียงแค่ 3 แสนบาท จึงมียอดค้างชำระตามที่เป็นข่าวไปข้างต้น
ล่าสุด ฝ่ายจัดการแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ทำหนังสือ ตอบไปยังสโมสรฟุตบอล นครพนม เอฟซี ว่า เงินสนับสนุนการแข่งขัน ประจำฤดูกาล 2016 ประกอบด้วย 2 ส่วน ได้แก่
1. เงินสนับสนุนทีม ดิวิชั่น 2 จำนวน 2 ล้านบาท และแบ่งเป็น 2 ส่วนได้แก่
1.1 จำนวน 1 ล้านบาท แบ่งจ่ายเป็น 3 งวด
- งวดแรก 300,000 บาท จ่ายเมื่อเปิดฤดูกาล (จ่ายแล้ว)
- งวดที่สอง 300,000 บาท จากกลางฤดูกาลแข่งขัน
- งวดสุดท้าย 400,000 บาท จ่ายเมื่อจบฤดูกาล
1.2 จำนวน 1 ล้านบาท จ่ายตามผลการประเมินด้านต่างๆ ที่คณะกรรมการจัดการแข่งขันกำหนด โดยจะจ่ายให้ภายหลังจากที่ดำเนินการเรื่องภาระหนี้สินของสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เรียบร้อยแล้ว
2. เงินสนับสนุนการเดินทางแข่งขัน นัดเยือน 50,000 บาท โดยจะรวบรวมจ่ายให้กับสโมสรสมาชิกเมื่อจบการแข่งขันในแต่ละเลก (ชำระ 2 ครั้ง)
ทั้งนี้ นโยบายดังกล่าว สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้ชี้แจงให้สโมสรสมาชิกทราบ ในการประชุมใหญ่สามัญ ครั้งที่ 1 ประจำปี 2559 เมื่อวันศุกร์ 29 เมษายน 2559 และทุกสโมสรรับทราบ และไม่มีการคัดค้าน จึงไม่สามารถดำเนินการตามที่ สโมสร นครพนม เอฟซี ร้องขอ
ทั้งนี้ ฝ่ายจัดการแข่งขัน ไทยลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ได้แจ้งระเบียบว่าด้วยการลงโทษ กรณีถอนทีมระหว่างการแข่งขัน ตามระเบียบว่าด้วยการลงโทษ มารยาท วินัย และ ข้อประท้วง หากถอนทีมระหว่างการแข่งขัน จะถูกปรับเงินจำนวน 100,000 บาท และห้ามส่งทีมเข้าแข่งขันของสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เป็นเวลา 2 ปี
